بعد تخرُّجه من أكاديميَّة السيتي توقَّع الكثيرون لمايكل جونسون مُستقبلاً واعدًا، لكنه عانَى من الإصابة التي أثَّرت كثيرًا على مشواره الكرويِّ.
فقد وُصف جونسون بأنه أكبر اكتشاف بالبلات لين، وبشكلٍ سريعٍ حجز مكانَه بالفريق الأول لمانشستر سيتي قبل أن يتعرَّض لسلسلة من الإصابات أوقفت مسيرته.
وبعد فترةٍ لعب خلالها لأندية إيفرتون وفينوورد وقَّع جونسون على عقود انضمامه للسيتي عام 2005، وكان جزءًا من الفريق الذي وصل لنهائي كأس الاتحاد الإنجليزيِّ للشباب في 2006.
كما لعب مُباراته الأولى بالبريمير ليج مع السيتي في الهزيمة بنتيجة (4-0) ضدَّ ويجان أتليتيك خلال شهر أكتوبر 2006، وسجَّل هدفه الأول مع الفريق ضدَّ ديربي كاونتي في المباراة التي انتهت بفوز السيتيزنس بنتيجة (1-0) في أغسطس 2007.
لقد أنهَى جونسون موسم 2007/2008 برصيد ثلاثة أهدافٍ، وبدأ موسم 2008/2009 بمستوًى رائع، لكن إصابته المُتكرِّرة في منطقة البطن أبعدته لمُدَّة سبعة أشهر، قبل أن يعود مرة أُخرى كلاعبٍ احتياطيٍّ في إبريل 2009.
واستطاع أن يُسجِّل هدفًا في مرمَى سكونثورب ليُذكِّر الجميع بموهبته، لكنه تعرَّض لإصابةٍ جديدةٍ بالرُكبة بعد ستَّة أسابيع أنهت موسمه مرة أُخرى.
إلا أنه وفي محاولة لاستعادة مستواه المعهود، وافق السيتي على إعارته لمُدَّة عام لليستر سيتي ليلعب من جديد تحت قيادة مُدرِّبه السابق في السيتي سفين جوران إريكسون.
لكن حتى الآن لم يلعب جونسون سوَى مباراتَيْن لصالح فريق الثعالب، وما زال اللاعب البالغ 23 عامًا أمامه الكثير من الوقت للعودة مرة أُخرى للطريق الصحيح.
